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脊尾白虾血细胞全长 cDNA 文库的构建及 EST 序列分析
作者单位:中国水产科学研究院 黄海水产研究所, 山东 青岛 266071 加工时间:2014-05-15 信息来源:中国水产科学
关键词:脊尾白虾;血细胞;cDNA 文库;EST;序列分析;Exopalaemon carinicauda;haemocytes;cDNA library;EST;sequence analysis
摘 要:采用 SMART 技术(Switching Mechanism At 5′ end of RNA Transcript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)血细胞全长 cDNA 文库.结果表明:cDNA 初级文库滴度为2.8×106 pfu/mL,重组率达99%以上,插入片段在400~2000 bp;扩增文库滴度为4.3×109 pfu/mL.随机挑取100个单克隆进行测序,得到95条平均长度为493 bp的高质量 EST 序列,序列拼接获得70条 unigenes,包括11条 contigs 和59条 singlets.Blast 同源比对发现,其中20条 unigenes 与数据库中已知基因同源性较高,2条为未知基因,48条未知序列.通过同源性比较筛选出多个与生长、代谢、免疫等相关的功能基因,如肌钙蛋白Ⅰ、烯醇酶、抗脂多糖因子、溶菌酶等基因.结果证实,所构建的脊尾白虾血细胞全长 cDNA 文库质量较高,可在短期内获得大量脊尾白虾血细胞组织的功能基因表达信息.本研究旨在为脊尾白虾功能基因的发掘和分子标记的筛选提供素材.
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