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利用蛋白质同源性搜索检验细菌预测基因的起始位点
作者:夏伟;周大为;李炜疆 作者单位:江南大学工业生物技术教育部重点实验室,江苏无锡,214122;江南大学生物工程学院,江苏无锡214122 加工时间:2013-10-15 信息来源:《食品与生物技术学报》
关键词:基因组注释;基因预测;同源性搜索
摘 要:细菌基因组中基因密度高、结构相对简单,基因预测可以达到较高的准确度.细菌基因预测的一个重要问题是难以准确判断基因起始位点,目前应用最广的基因组自动注释方法给出的结果中,占总数约1/5的基因的起始位点有分歧,尚无利用基因结构的统计特征改进起始位点预测的有效方法.通过蛋白质同源性搜索,为推断起始位点提供新的线索.对氧化葡萄糖酸杆菌Gluconobacter oxydans 621H全基因组的分析表明,这种方法可以实质性改善起始位点预测结果.
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