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基于线粒体COI基因序列的5种鲤养殖品种遗传多样性研究
作者单位:单云晶,SHAN Yunjing(中国水产科学研究院 黑龙江水产研究所,黑龙江 哈尔滨 150070; 大连海洋大学 水产与生命学院,辽宁 大连 116023)鲁翠云,李超,张明昭,顾颖,孙效文,LU Cuiyun,LI Chao,ZHANG Mingzhao,GU Ying,SUN Xiaowen(中国水产科学研究院 黑龙江水产研究所,黑龙江 哈尔滨,150070) 加工时间:2014-05-15 信息来源:中国水产科学
关键词:鲤养殖品种;遗传多样性;DNA条形码;COI基因;cyprinoid aquaculture breeds;genetic diversity;DNA barcode;COI gene
摘 要:本研究通过对5个鲤养殖品种即高寒鲤(Cyprinus carpio Frigid carp)、松浦鲤(Cyprinus carpio Songpu carp)、蓝鳞鲤(Cyprinus carpio blue var)、松浦镜鲤(Cyprinus carpio Songpu mirror carp)和红镜鲤(Cyprinus carpio Red mirror carp)的线粒体COI基因部分序列的测定,比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。在5个鲤品种共100个样本的线粒体COI序列中检测到8种单倍型,其中5个单倍型(H1、H2、H4、H5、H6)涵盖样本较多,占总样本数的94.06%。蓝鳞鲤的单倍型数最少,仅有1个,红镜鲤单倍型数为2个,其余3个品种的单倍型数均为5个。5个品种单倍型多样性(Hd)在0.160±0.070~0.811±0.055,其中,遗传多样性最高的为高寒鲤。AMOVA 结果表明,品种间变异(50.28%)略高于品种内变异(49.72%),各品种间的FST值在0.7114~0.8312,其中蓝鳞鲤与其他群体之间差异最大。用 MEGA4.0软件构建的基于遗传距离的进化树表明,5个养殖品种中,高寒鲤和红镜鲤的遗传距离最近(D=0.31),聚为一支;松浦镜鲤和松浦鲤的遗传距离较近(D=0.33),聚为一支;蓝鳞鲤与其他品种存在较大遗传差异,单独形成一个分支。除蓝鳞鲤外,其余4个养殖品种间均存在共享的单倍型(H2、H4、H5、H6),可能是由于其在选育过程中亲本的遗传背景存在交叉,同时也证明 DNA 条码在分析种内品种间遗传关系时具有可行性但具有一定的局限性。
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