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下一代测序技术数据中的选择性剪切计算识别方法研究
作者:邹权;李旭斌;林子雨;江弋;林琛 作者单位:厦门大学信息科学与技术学院,福建厦门361005 加工时间:2013-10-15 信息来源:《电子学报》
关键词:下一代测序技术;RNA_seq;选择性剪切;剪切位点;读段定位;生物信息学
摘 要:随着测序技术的发展,下一代测序技术(Next-Generation Sequencing)给生物信息学领域研究带来了新的机遇和挑战.由于选择性剪切(alternative splicing,AS)在真核生物基因表达和蛋白质多样性方面的重要性,识别选择性剪切位点一直都是研究的重点.下一代测序技术的出现,使得选择性剪切研究的计算方法不断地变化.介绍了选择性剪切过去和目前研究的状况,然后总结了基于RNA-seq数据的选择性剪切研究方法、软件以及数据库,并利用了RNAseq数据比较了相关软件,最后讨论了选择性剪切中计算方法的发展方向和前景.
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