目的：评价北京市医药分开综合改革的实施对于门急诊患者就医流向的影响。方法：对北京市卫计委信息中心收集的2016年1月—2017年10月的各级医疗机构门急诊就诊人次数据的变化趋势进行分析，并采用间断时间序列分析（Interrupted Time Series，ITS）方法分析北京市医药分开综合改革对其影响。结果：2017年4—10月，三级医院平均每家医疗机构门急诊人次同比下降12.11%；二级医院平均每家医疗机构门急诊人次同比下降2.10%；基层医疗卫生机构平均每家机构门急诊人次同比上升11.49%。结论：北京市医药分开综合改革通过医事服务费的调整和基层用药目录与三级医院对接等主要措施，使得门急诊患者就诊流向发生明显变化，长期下去需要引起注意的是基层是否有动力接收病人，以及能否接住病人的问题。