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基于Illumina高通量测序的泡桐转录组研究
作者单位:邓敏捷,董焱鹏,赵振利,范国强,Deng Minjie,Dong Yanpeng,Zhao Zhenli,Fan Guoqiang(河南农业大学泡桐研究所 郑州450002;河南农业大学林学院 郑州450002)张晓申,Zhang Xiaoshen(河南农业大学泡桐研究所 郑州450002;郑州市农林科学研究所 郑州451400) 加工时间:2013-11-15 信息来源:林业科学
关键词:泡桐;转录组;Illumina高通量测序;从头组装;Paulownia;transcriptome;Illumina sequencing;de novo assembly
摘 要:利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据de novo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析.结果表明,N50值为2 278 bp、平均长度为1 410 bp的泡桐unigene共有188 019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120 808条和85 880条unigene与其他物种的基因具有同源性.利用COG数据库可将有关的41 914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43 553个unigene参与215种代谢通路.找到与木质素合成相关的泡桐unigene.
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