关键词：原子与键电负性均衡方法/分子力场;OPLS-AA固定电荷力场;GA88/GB88蛋白;分子动力学模拟;动力学性质
摘 要：将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσ-π浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况.结果表明,ABEEMσ-π-和OPLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定；回旋半径模拟很好地体现了蛋白质的“电致紧缩”现象；氢键分布、径向分布及电荷分布表明,与OPLS-AA固定电荷力场相比,ABEEMσπ浮动电荷力场能更好地体现蛋白质和周围水分子的极化效应.