目的：分析基本药物制度引致的医疗机构的损益。方法：以我国西部某贫困县为样本地区，采用现场调查法收集资料，选取2009年为基准年，比较分析样本地区全部政府办医疗机构在2010—2015年间由于药品政策、医疗服务价格调整和财政补助调整所造成的损益及损益率。结果：基本药物制度实施后，医疗机构整体得益，且其得益呈现逐年增加的趋势，得益率从2010年的-2.15%增长到2015年的47.70%；对不同级别医疗机构的进一步分析显示，各自损益的归因各不相同，村卫生室和乡镇卫生院得益主要归因于政府补助调整，而县级医院得益主要归因于医疗服务价格调整。结论：基本药物制度的落实对于调整医疗机构损益来源的构成有一定作用，推进基本药物制度实施过程中，应进一步确保医疗机构平稳运行和发展，着重调整乡镇卫生院医疗服务价格。