为促进通过数字化协同管理提升新型研发机构的合作创新能力，从分析数字化协同管理对新型研发机构内外部合作的影响入手，结合新型研发机构数字化协同管理的模式设计，从理论上剖析数字化协同管理对于新型研发机构合作创新的意义。研究表明：数字化协同管理可以强化新型研发机构的科研人员之间、与其他科研机构之间的链接，从而提升机构内外部的合作创新能力；可以从分配公平、程序公平和互动公平维度重塑科研人员之间的合作关系，打破各环节之间在时空上的障碍，提升技术、知识、成果等资源在创新链中的传播速率，强化机构内外部合作能力。最后为更好地利用数字化协同管理提升新型研发机构内部外部合作水平，提出形成贯穿全部业务流程的数字化协同管理规划，加强硬件数字化改造、内部数字协作平台建设和业务流程数字化重塑等对策建议。